കത്തോലിക്കാ സഭയുടെ കുപ്രസിദ്ധമായ ഇൻക്വിസിഷൻ കോടതികൾ കത്തോലിക്കാ വിശ്വാസങ്ങളോട്‌ വിയോജിപ്പുള്ളവർക്കുമേൽ നടപ്പിലാക്കിയ അതിക്രൂരമായ ശിക്ഷകളെക്കുറിച്ച്‌ മധ്യകാല യൂറോപ്പിനെ സംബന്ധിച്ച സാമാന്യ ധാരണയെങ്കിലും ഉള്ളവർക്ക്‌ ബോധ്യമുണ്ടാകും. എന്നാൽ പ്രൊട്ടെസ്റ്റന്റുകളുടെ മുൻകയ്യിലുണ്ടായ സമാനമായ മതവിചാരണക്കോടതികളും ശിക്ഷകളും വേണ്ട വിധത്തിൽ ചർച്ച ചെയ്യപ്പെട്ടിട്ടില്ല. കത്തോലിക്കാ വിരുദ്ധ പ്രൊട്ടെസ്റ്റന്റ്‌ പരിഷ്കരണ മുന്നേറ്റത്തിന്റെ നായകസ്ഥാനത്തുണ്ടായിരുന്ന ജോൺ കാൽവിന്റെയും അനുയായികളുടെയും ആവശ്യപ്രകാരം ആണ്‌ പ്രശസ്ത സ്പാനിഷ്‌ വൈദികനും ശാസ്ത്രജ്ഞനും ആയ മൈക്കൽ സെർവെറ്റസിനെ 1553 ഒക്റ്റോബർ 27ന്‌ സ്വിറ്റ്സർലൻഡിലെ ചാമ്പലിൽ വെച്ച്‌ ഇൻക്വിസിഷൻ നടത്തി ജീവനോടെ കത്തിച്ചത്‌. സെർവെറ്റസ് തന്റെ പുസ്തകങ്ങളിലും കാൽവിന്‌ എഴുതിയ കത്തുകളിലും പ്രൊട്ടെസ്റ്റെന്റ്‌ വിശ്വാസങ്ങളെ വിമർശനാത്മകമായി സമീപിച്ചതായിരുന്നു കാരണം.
CE 325ലെ നിഖിയ സുനഹദോസ്‌ പ്രഖ്യാപിച്ച ത്രിയേക ദൈവസങ്കൽപത്തിന്റെ പ്രാമാണികതയെ ആണ്‌ സെർവെറ്റസ് വൈജ്ഞാനികമായി ചോദ്യം ചെയ്തിരുന്നത്‌. ബൈബിളിനെയും നിഖിയക്കുമുമ്പുള്ള ആദിമ സഭാ പിതാക്കൻമാരുടെ രചനകളെയും സത്യസന്ധമായി പരിശോധിച്ചാൽ നിഖിയാ ത്രിത്വം യേശുവിന്‌ പരിചയമില്ലാത്ത ഒരു പിൽകാല പുരോഹിത നിർമിതി മാത്രമാണെന്ന് ബോധ്യപ്പെടുമെന്ന് അദ്ദേഹം സമർത്ഥിച്ചു. ഖുർആനും മുഹമ്മദ്‌ നബിയുടെ ജീവിതവും സെർവെറ്റസിന്റെ ആശയസമരങ്ങൾക്ക്‌ പ്രചോദനമായി എന്ന് വ്യക്തമാക്കുന്ന ചരിത്രരേഖകൾ ഉണ്ട്‌. സെർവെറ്റസിന്റെ ചോദ്യങ്ങളിൽ പ്രകോപിതരായ പ്രൊട്ടെസ്റ്റന്റ്‌ പുരോഹിതന്മാർ ഒടുവിൽ അദ്ദേഹത്തെ ജീവനോടെ ചുട്ടുകൊല്ലുകയായിരുന്നു.